Fundacja „Dzieło Nowego Tysiąclecia” została powołana przez Konferencję Episkopatu Polski w 2000 roku jako wyraz wdzięczności dla Ojca Świętego Jana Pawła II za Jego niestrudzoną posługę duchową na rzecz Kościoła i Ojczyzny. Idea utworzenia Fundacji jako organizacji, której działalność ma upamiętniać Pontyfikat Jana Pawła II przez promowanie nauczania Papieża i wspieranie określonych przedsięwzięć społecznych, głównie w dziedzinie edukacji i kultury, narodziła się po pielgrzymce Ojca Świętego do Polski w 1999 r.
Organizacją kierują: Rada składająca się z dziesięciu osób raz Zarząd liczący czterech członków. Na czele Rady stoi ks. kard. Kazimierz Nycz, a przewodniczącym Zarządu jest ks. Dariusz Kowalczyk. Siedziba Fundacji znajduje się w Warszawie w Sekretariacie Konferencji Episkopatu Polski. Nadzór państwowy nad działalnością Fundacji sprawuje minister właściwy do spraw oświaty oraz szkolnictwa wyższego oraz – niezależnie od nadzoru państwowego – Konferencja Episkopatu Polski, jako Fundator.
Fundacja działa na podstawie Ustawy z dnia 6 kwietnia 1984 r. o fundacjach, Ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej oraz postanowień statutu, a także jako osoba prawna posiadająca status organizacji pożytku publicznego , na mocy Ustawy z dnia 24 kwietnia 2003 r. o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie.
W ciągu dwudziestu dwóch lat swojej działalności Fundacja objęła opieką kilka tysięcy młodych ludzi z całej Polski zgodnie z wezwaniem Ojca Świętego do „nowej wyobraźni miłosierdzia”. Około 2000 stypendystów niemalże z każdego zakątka Polski tworzy niezwykły pomnik, budowany przez Polaków wdzięcznych św. Janowi Pawłowi II.